L`anno è il 2032. In un mondo in cui i pochi esseri umani rimasti coesistono insieme a replicanti artificiali, cyborg e robot, Batou, detective della Sezione 9 della Polizia, indaga su un caso inquietante ed all`apparenza inspiegabile. Una ginoide, un androide creato per appaggare il desiderio sessuale, ha infatti massacrato il suo "utilizzatore" e padrone prima di autodistruggersi. Con l`aiuto del proprio partner, Toyusa, Batou inizia un viaggio alla scoperta dei segreti più reconditi dell`anima, circondato da esseri viventi che hanno perso la loro umanità, fusa nell`elemento macchina. In una realtà dove l`organico è divenuto meccanico ed il meccanico e sintetico ha iniziato a sviluppare una sorta di autocoscienza, le complicate indagini lo condurranno fino alla sede della Locus Solus, la ditta costruttrice delle ginoidi, a bordo di una nave al largo delle coste e fuori dalla giurisdizione della legge.