Una rilettura in chiave anticlericale dell`ultima condanna a morte decretata dall`autorità papale con protagonista Nino Manfredi.
Roma, 1867. Sotto il governo di Pio XI viene compiuto un attentato dinamitardo nelle fogne della caserma Serristori dove perdono la vita ventitré zuavi francesi. Tra gli accusati vi è il giovane Cesare Costa, figlio illegittimo della Contessa Flaminia, che per salvarlo dalla condanna a morte si rivolge ad un giudice della Sacra Consulta, monsignor Colombo da Priverno.L`uomo non si muove facilmente a compassione, ma la donna per convincerlo usa un fatto avvenuto molti anni prima...
Il film è liberamente ispirato a "I segreti del processo Monti e Tognetti" di Gaetano Sanvittore, Milano, 1869. "In nome del papa re" è il secondo della trilogia iniziata con "Nell'anno del Signore" (1969) e proseguita con "In nome del popolo sovrano" (1990)